Οι εγγραφές ξεκινούν στις 16 Αυγούστου και συνεχίζονται καθ' όλη τη διάρκεια του σχολικού έτους. Σπουδαστές οι οποίοι μεταγράφονται από άλλο ωδείο, προκειμένου να μη χάσουν τα έτη σπουδών τους, πρέπει να προσκομίσουν βεβαίωση μεταγραφής από το προηγούμενο ωδείο.

Στο Ωδείο διενεργούνται οκτώ διαφορετικά είδη εξετάσεων. Αυτά είναι:
α) κατατακτήριες
Οι κατατακτήριες εξετάσεις στα μουσικά ιδρύματα έχουν σκοπό την διαπίστωση του επιπέδου σπουδών για σπουδαστές που προέρχονται από το εξωτερικό ή από σπουδαστές που έχουν κάνει ιδιαίτερα μαθήματα και πρέπει να επισημοποιήσουν τις σπουδές τους, με την εγγραφή τους στο Ωδείο. Επίσης είναι υποχρεωτικές και για την εγγραφή των σπουδαστών σε ορισμένα τμήματα σπουδών. Πραγματοποιούνται μία φορά το χρόνο μέσα στον Οκτώβριο παρουσία εκπροσώπου του Υπουργείου Πολιτισμού & Αθλητισμού.
β) προαγωγικές
Οι θερινές προαγωγικές εξετάσεις πραγματοποιούνται μία φορά το χρόνο παρουσία του καλλιτεχνικού διευθυντή, και στις οποίες συμμετέχουν όλοι οι σπουδαστές που θέλουν να κατοχυρώσουν τις σπουδές της χρονιάς που πέρασε.
γ) επαναληπτικές
Οι επαναληπτικές εξετάσεις πραγματοποιούνται κάθε Οκτώβριο για τους σπουδαστές εκείνους που στις θερινές εξετάσεις επιθεώρησης δεν κατάφεραν να περάσουν στην επόμενη τάξη ή για εκείνους που θέλουν καλύτερο βαθμό.
δ) προκριματικές πτυχίου
Οι προκριματικές εξετάσεις διενεργούνται έξι μήνες πριν από τις πτυχιακές εξετάσεις, παρουσία του καλλιτεχνικού διευθυντή. Στις εξετάσεις αυτές ο σπουδαστής παρουσιάζει το πρόγραμμα του πτυχίου του το οποίο παίρνει έγκριση.
ε) πτυχιακές
Οι πτυχιακές εξετάσεις γίνονται δύο φορές το χρόνο, Ιανουάριο ή Ιούνιο, και αφορούν την απόκτηση πτυχίου. Διενεργούνται παρουσία εκπροσώπου του Υπουργείου Πολιτισμού & Αθλητισμού.
στ) δεξιοτεχνία
Οι εξετάσεις δεξιοτεχνίας διενεργούνται έξι μήνες πριν από τις διπλωματικές εξετάσεις, παρουσία του καλλιτεχνικού διευθυντή. Στις εξετάσεις αυτές ο σπουδαστής παρουσιάζει το πρόγραμμα του διπλώματος του το οποίο παίρνει έγκριση.
ζ) διπλωματικές
Οι διπλωματικές εξετάσεις γίνονται δύο φορές το χρόνο, Ιανουάριο ή Ιούνιο, και αφορούν την απόκτηση διπλώματος. Διενεργούνται παρουσία εκπροσώπου του Υπουργείου Πολιτισμού & Αθλητισμού.
η) απολυτήριες
Οι απολυτήριες εξετάσεις διενεργούνται δύο φορές το χρόνο, Ιανουάριο ή Ιούνιο παρουσία του καλλιτεχνικού διευθυντή και αφορούν την πιστοποίηση και απόκτηση πιστοποιητικού περάτωσης σπουδών για τα τμήματα μοντέρνας και παραδοσιακής μουσικής.

Ως μέρες αργίας για το Ωδείο Αιγαίου ορίζονται οι:
- 18η Οκτωβρίου (Ευαγγελιστού Λουκά)
- 28η Οκτωβρίου
- 17η Νοεμβρίου
- Από 24η Δεκεμβρίου μέχρι 7η Ιανουαρίου (Διακοπές Χριστουγέννων)
- 7η Μαρτίου (Επέτειος ενσωμάτωσης Δωδεκανήσου)
- Καθαρά Δευτέρα
- 25η Μαρτίου
- Από Μεγάλη Δευτέρα μέχρι και Κυριακή του Θωμά (Διακοπές Πάσχα)
- 1η Μαΐου
- Γιορτή του Αγίου Πνεύματος

Ο κανονισμός που διέπει τη λειτουργία του Ωδείου Αιγαίου χωρίζεται σε τρεις κατηγορίες:
α) Κανονισμός σπουδών
Η διδακτική περίοδος ξεκινάει την 1η Σεπτεμβρίου και λήγει στις 30 Ιουνίου. Μόνο οι σπουδαστές που εγγράφονται για πρώτη φορά έχουν το δικαίωμα να ξεκινήσουν τη φοίτησή τους μετά τον Σεπτέμβριο. Οι σπουδαστές που επανεγγράφονται πρέπει να ολοκληρώσουν την εγγραφή τους τον Σεπτέμβριο προκειμένου να είναι έγκυρη η φοίτησή τους.
Οι σπουδαστές οφείλουν να παρακολουθούν όλα τα υποχρεωτικά μαθήματα σύμφωνα με τον κανονισμό του ΥΠ.ΠΟ.Α. και του Ωδείου ώστε να έχουν το δικαίωμα να αποκτήσουν πτυχίο, δίπλωμα ή πιστοποιητικό περάτωσης σπουδών.
Τα μαθήματα που χάνονται με υπαιτιότητα του καθηγητή αναπληρώνονται μετά από συνεννόηση με τη γραμματεία του ωδείου. Τα μαθήματα που χάνονται όμως με υπαιτιότητα του σπουδαστή δεν αναπληρώνονται. Η όποια καθυστέρηση στην προσέλευση του σπουδαστή δεν παρατείνει το χρόνο του μαθήματος.
Οι ετήσιες εξετάσεις είναι υποχρεωτικές για όλους τους σπουδαστές όλων των ενόργανων, φωνητικών ή θεωρητικών μαθημάτων. Αυτές πραγματοποιούνται μία φορά το χρόνο κατά την θερινή περίοδο, παρουσία επιτροπής και του καλλιτεχνικού διευθυντή του ωδείου. Σπουδαστές οι οποίοι δεν προσέρχονται στις εξετάσεις χάνουν το δικαίωμα προβιβασμού στην επόμενη τάξη ή έτος σπουδών.
Οι σπουδαστές οφείλουν να ενημερώνονται από τους πίνακες ανακοινώσεων για τις ημερομηνίες των εξετάσεων, τις ώρες και ημέρες των υποχρεωτικών μαθημάτων που πρέπει να παρακολουθούν, τις αργίες, τις συναυλίες ή τα σεμινάρια που διοργανώνονται.
β) Οικονομικός Κανονισμός
Τα δίδακτρα είναι μηνιαία και προκαταβάλλονται μέσα στις δέκα πρώτες μέρες κάθε μήνα.
Η πληρωμή των διδάκτρων μηνός Σεπτεμβρίου για τους τακτικούς σπουδαστές αλλά και του Ιουνίου για όλους τους σπουδαστές, είναι υποχρεωτική προκειμένου να θεωρηθούν έγκυρες οι σπουδές. Κατά την διάρκεια των διακοπών Χριστουγέννων, Πάσχα και λοιπών αργιών, τα μαθήματα που χάνονται δεν αναπληρώνονται και η πληρωμή των μηνών μέσα στους οποίους περιλαμβάνονται οι αργίες αυτές είναι υποχρεωτική και πλήρης.
Οι σπουδαστές που δεν έχουν τακτοποιήσει τις οικονομικές τους εκκρεμότητες, δεν έχουν το δικαίωμα να προσέλθουν στις ετήσιες εξετάσεις του Ιουνίου και καλούνται να λάβουν μέρος στις επαναληπτικές του επόμενου Οκτωβρίου.
Ο εγγραφόμενος σπουδαστής καταβάλλει την εγγραφή του και τα δίδακτρα του πρώτου μήνα φοίτησης.
Τα εξέταστρα για όλους τους τύπους εξετάσεων καταβάλλονται επιπλέον.
Τα μηνιαία δίδακτρα καταβάλλονται ακέραια και σε καμία περίπτωση δεν υπολογίζονται τα μαθήματα που χάθηκαν με υπαιτιότητα του σπουδαστή ώστε να αφαιρεθούν από αυτά. Εάν κάποιος σπουδαστής επιθυμεί να διακόψει τη φοίτηση πριν από τις 30 Ιουνίου (ανεξαρτήτως λόγου και αιτίας), θα απαλλαγεί από τα μηνιαία δίδακτρα των επόμενων μηνών και μέχρι τις 30 Ιουνίου (για τον τρέχοντα μήνα όμως η χρέωση συνεχίζεται).
Εάν κάποιος σπουδαστής για οποιοδήποτε λόγο δεν μπορέσει να παρακολουθήσει τα μαθήματα για ένα ορισμένο χρονικό διάστημα, δεν έχει το δικαίωμα επιστροφής χρημάτων, αλλά ούτε και συμψηφίζονται τα προκαταβαλλόμενα χρήματα με τα δίδακτρα του χρόνου που δεν φοίτησε. Επίσης εάν δεν παρακολουθήσει τα μαθήματα για κάποιο χρονικό διάστημα με δική του υπαιτιότητα και συνεχίσει μέσα στην ίδια σχολική χρονιά τις σπουδές του, το Ωδείο Αιγαίου δεν είναι υποχρεωμένο να του αναπληρώσει τα μαθήματα που χάθηκαν, υποχρεούται δε ο σπουδαστής να πληρώσει για το χρονικό διάστημα που δεν φοίτησε, προκειμένου να έχει δικαίωμα συμμετοχής στις τελικές εξετάσεις και κατά συνέπεια της κατοχύρωσης των σπουδών του.
Οι σπουδαστές που έχουν λάβει υποτροφία απαλλάσσονται των διδάκτρων, όχι όμως της εγγραφής και των εξετάστρων.
Εγγραφές, δίδακτρα ή εξέταστρα δεν επιστρέφονται. Ειδικότερα για τους σπουδαστές που έχουν προεξοφλήσει με πιστωτική κάρτα ή με μετρητά και διακόψουν τη φοίτηση, τα χρήματα που έχουν καταβληθεί και αφορούν εγγραφές, δίδακτρα ή εξέταστρα δεν επιστρέφονται, έστω και αν αφορούν μαθήματα τα οποία δεν έχουν παρακολουθήσει, αλλά φυλάσσονται από το Ωδείο ως πιστωτικό υπόλοιπο (για εγγραφή, δίδακτρα ή εξέταστρα) του σπουδαστή για το επόμενο ένα (1) έτος από την ημερομηνία διακοπής του.
γ) Γενικός Κανονισμός
Απαγορεύεται αυστηρά το κάπνισμα σε όλους τους σπουδαστές, αλλά και επισκέπτες ή συνοδούς εντός του ωδείου (στις αίθουσες διδασκαλίας, διαδρόμους, τουαλέτες κλπ.).
Μετά τη λήξη του μαθήματος δεν επιτρέπεται η παραμονή των σπουδαστών στους χώρους του ωδείου.
Σε καμία περίπτωση δεν επιτρέπεται η παραμονή γονέων ή συνοδών στις τάξεις την ώρα του μαθήματος.
Απαγορεύεται η είσοδος ξένων ή γενικά ατόμων που δεν έχουν λόγο παρουσίας εντός του ωδείου.
Οι σπουδαστές οφείλουν να σέβονται τον χώρο στον οποίο βρίσκονται και να τον διατηρούν καθαρό.
Οι σπουδαστές που έρχονται στο ωδείο για την παρακολούθηση των ειδικών μαθημάτων τους, αφού υπογράψουν σε ειδικό έντυπο την παρουσία τους, πρέπει να μπαίνουν κατευθείαν στην αίθουσα διδασκαλίας και να μην περιμένουν στην αίθουσα αναμονής ενώ οι σπουδαστές που παρακολουθούν τα γενικά υποχρεωτικά μαθήματα πρέπει να περιμένουν να τελειώσει το προηγούμενο τμήμα στην αίθουσα αναμονής.
Ο κανονισμός λειτουργίας του Ωδείου Αιγαίου ισχύει από την ημέρα της εγγραφής του κάθε σπουδαστή και βοηθά στην καλύτερη λειτουργία του εκπαιδευτηρίου, αφού υπερασπίζει τα δικαιώματα των σπουδαστών, γονέων, καθηγητών και λοιπού προσωπικού.
Ο σπουδαστής που εγγράφεται στο Ωδείο Αιγαίου είναι υποχρεωμένος να γνωστοποιεί στην γραμματεία του ωδείου τυχόν αλλαγή της διεύθυνσης διαμονής του, διαφορετικά κάθε έγγραφο νομίμως θα εκδίδεται στην δηλούμενη κατά την παρούσα εγγραφή διεύθυνση.
Με την εγγραφή του, ο σπουδαστής αποδέχεται και επιτρέπει την τήρηση των προσωπικών του δεδομένων από το ωδείο για επεξεργασία μόνο για τις ανάγκες του εκπαιδευτηρίου.